Народився 25 листопада 1926 р. у м. Шепетівка Хмельницької області. Учасник Великої Вітчизняної Війни. У період 1945—1950 рр. служив у Радянській армії. У 1951 р. вступив до Харківського політехнічного інституту на інженерно-фізичний факультет, спеціальність «Динаміка та міцність машин». Закінчив навчання з відзнакою у 1957 р. Під час навчання працював за сумісництвом вчителем фізики у середній школі робітничої молоді № 32 м. Харкова. З 1957 до 1960 р. працював науковим співробітником Лабораторії гідромашин АН України (нині — Інститут проблем машинобудування АН Ук­раїни) у Харкові. У 1960—1966 рр. керівник розрахунково-екс­периментального відділу, заступник головного інженера з наукової роботи Спеціального конструкторського бюро живильних насосів (СКБ ЖН) у Сумах. Брав безпосередню участь у розробці конструкцій, виготовленні та доведенні живильних і конденсатних насосів для енергоблоків потужністю 250—800 МВт теплових та блоків ВВЕР-1000 атомних електростанцій. Відповідав за міцність, вібраційний стан та герметичність насосного устаткування, у тому числі і габаритних насосів для магістральних нафтопроводів. Деякі результати цих робіт лягли в основу кандидатської дисертації, захищеної без відриву від виробництва у 1964 р. У 1966 р. обраний на посаду завідуючого кафедрою теоретичної механіки Сумської філії Харківського політехнічного інституту, перейменованої на кафедру загальної механіки та динаміки машин після перетворення філії в Сумський державний університет. У цей час займався розробкою голов­них циркуляційних насосів для атомних енергоблоків з водо-водяними енергетичними реакторами потужністю 1000 МВт. За підсумками досліджень статичних та динамічних характеристик різних типів безконтактних ущільнень роторів у 1974 р. захистив докторську дисертацію, у 1976 р. присвоєно звання професора. У 1981 р. проф. В.А. Марцинковським при керованій ним кафедрі Міністерством хімічного та наф­тового машинобудування СРСР створена галузева науково-дослідна лабораторія вібронадійності, в якій виконувалися об’ємні роботи за замовленням провідних підприємств ракетно-космічної галузі, теплової і атомної енергетики, трубопровідного транспорту. У 1992 р. на кафедрі розпочато підготовку спеціалістів та магістрів за фахом «Динаміка і міцність». Для нової спеціальності проф. В.А. Марцинковський розробив і читав курси лекцій з теорії коливань лінійних та нелінійних систем, гідроаеромеханіки, теорії автоматичного управління та ін. На підставі результатів досліджень проблем герметизації В.А. Марцинковський створив основи нової наукової дисципліни — гермомеханіки, синтезуючої досягнення таких фундаментальних наук, як гідро- та газодинаміка, теорія коливань, тео­рія пружності, гідроаеропружність, теорія автоматичного управління, матеріалознавство, трибомеханіка. Великий вплив на розвиток насосо- і компресоробудування мають міжнародні науково-технічні конференції «Герметичність, вібронадійність та екологічна безпека насосів і компресорів — ГЕРВІКОН», організатором та незмінним головою оргкомітету яких є В.А. Марцинковський. Конференції проводяться раз на три роки. З 1995 р. голова спеціалізованої ради; головний редактор серії «Технічні науки» Вісника Сумського держуніверситету; науковий керівник Проблемної лабораторії вібронадійності та герметичності. В.А. Марцинковський був науковим консультантом 6 докторських і науковим керівником 22 кандидатських дисертацій. Автор більше 270 наукових публікацій, з них 9 монографій. Має 59 авторських свідоцтв і патентів. Нагороджений орденом «Знак Пошани», почесним знаком МОН України «За наукові досягнення».