Кар’єру юриста, по закінченню вищого навчального закладу, В. Вегера розпочав на посаді слідчого-стажиста, а у подальшому — слідчого прокуратури Кам’янського району Черкаської області.
Вже у квітні 2000 р. В. Вегеру наказом Генерального прокурора України призначено прокурором Христинівського району Черкаської області.
В районі про нього відгукувалися як про неупередженого та справедливого прокурора, у колективі — як про спокійного, врівноваженого, розсудливого та толерантного керівника.
Згодом його було призначено на посаду начальника слідчого відділу прокуратури області, Смілянського міжрайонного прокурора, а у вересні 2004 р. — заступника прокурора Черкаської області — начальника управління нагляду за додержанням законів органами, які проводять оперативно-розшукову діяльність, дізнання та досудове слідство.
Роботі в органах прокуратури В. Вегера віддав 17 років, завжди вважаючи роботу в прокуратурі вінцем кар’єри юриста.
У лютому 2011 р. Володимира Вегеру наказом Генерального прокурора України було призначено першим заступником прокурора Черкаської області.